Às diretorias, aos departamentos de investigação criminal e às unidades locais de investigação criminal compete a prevenção, deteção, investigação e coadjuvação das autoridades judiciárias relativamente aos crimes da competência da PJ, ou cuja investigação lhe seja deferida, praticados ou conhecidos na sua área geográfica de intervenção, cuja competência não esteja atribuída às unidades nacionais.
São Unidades desconcentradas de investigação criminal
– A Diretoria do Norte, com sede no Porto, e que tem na sua dependência o Departamento de Investigação Criminal de Braga e o Departamento de Investigação Criminal de Vila Real.
– A Diretoria do Centro, com sede em Coimbra, e que tem na sua dependência o Departamento de Investigação Criminal de Aveiro, o Departamento de Investigação Criminal da Guarda e o Departamento de Investigação Criminal de Leiria.
– A Diretoria de Lisboa e Vale do Tejo, com sede em Lisboa, e que tem na sua dependência o Departamento de Investigação Criminal de Setúbal e a Unidade Local de Investigação Criminal de Évora.
– A Diretoria do Sul, com sede em Faro, que tem na sua dependência o Departamento de Investigação Criminal de Portimão.
O Departamento de Investigação Criminal da Madeira e o Departamento de Investigação Criminal dos Açores, estão adstritos à Direção Nacional.